發酵罐的清洗是非常重要的，但是很多人不太會，不但沒有清洗干凈，反而可能導致更不好的后果。所以清洗方法非常重要。

因為發酵罐采用自然酵母發酵時，需要洗干凈，無殘留酒石霉菌即可，不必消毒，泵及管道每次用后用高壓水沖洗。

發酵過程會產生大量的蛋白質 、酒花樹脂、多糖、酵母等有機物和草酸鈣、硫酸鹽等無機物，在發酵罐清空后，有機物和無機物污物附著在罐壁上，呈黃褐色。酒石數量多時，表面呈現白色，如同鹽堿地表皮一樣，無機物與有機物相互交織在一起。

清洗時使用火堿，只是對去除有機物有作用，清洗溫度達到80℃以上，才會有較好的清洗效果。

清洗時采用單一的硝酸進行清洗，只是對無機物有一定效果，對有機物幾乎無效。而發酵罐壁所結污物為無機物和有機物的混合物，使用單一清洗劑清洗困難。因此，有的啤酒廠每年都會對發酵罐進行一次大清洗，徹底清刷發酵罐。

諸多因素會致使發酵罐經過幾年的使用后，會產生很多臟物質，比如罐壁積累了一定量的污物，使用常規清洗工藝難以徹底清除。故每4至5年，可利用生產淡季對發酵罐進行深度清洗。這是最好的方法。